انتخاب بذر مناسب اولین شرط برای داشتن پایه های قوی و سالم است. بنابراین باید در این زمینه دقت کافی را مبذول داشته و بذر را از میوه های کاملا رسیده ای که روی شاخه های سالم و قوی قرار دارند جدا کرد. در فرایند تولید پایه لازم است کلیه بذرهای نامرغوب را حذف کرد. باید به این نکته توجه داشت که بذرهای درشت عموما از جوانه زنی بهتر و سریعتری برخوردارد هستند و رشد نهال های حاصل از چنین بذرهایی بسیار بهتر از بذرهای ریز است.
برای بذرگیری از مرکبات بهتر است از درختانی که میوه هایی پر بذر با بذرهای چند جنینی دارند استفاده کرد. به این ترتیب نهال های تولیدی که به عنوان پایه مورد استفاده قرار می گیرند همگی یکدست بوده و از نظر نحوه رشد و نمو، داشتن مقاومتها، حساسیتها و پاسخ به محرک های محیطی رفتار مشابهی را در خزانه، نهالستان و باغ بروز می دهند. بذر میوه هایی که قبل از برداشت دچار ریزش شده اند بیشتر در معرض آلودگی و پوسیدگی قهوه ای قرار دارد بهتر است که از این میوه ها بذرگیری نشود. زیرا بذرهای موجود در میوه های پوسیده ممکن است به عوامل قارچی آلوده بوده و در نهایت، آلودگی را به نهال بذری و در نهایت به مرکبات پیوند شده منتقل کنند. به منظور کاهش میزان آلودگی های ذکر شده همواره باید از میوه های سالم روی درخت برای بذرگیری استفاده کرد.
بهترین زمان برداشت میوه برای بذرگیری بستگی به زمان رسیدن میوه ها خواهد داشت. به عنوان مثال میوه های فلائینگ دراگون و پونسیروس را باید به ترتیب حدود اواخر شهریور و اواسط مهر و میوه های نارنج، سیترنج، سیتروملو را اواسط تا آواخر آذر برداشت و بذرگیری کرد. البته تاریخ های مذکور تقریبی بوده و در سالهای مختلف و بر حسب شرایط محیطی می تواند نوسان اندکی داشته باشد. برای انجام بذرگیری باید ابتدا پوست میوه را از قسمت استوایی آن توسط یک چاقوی تیز به عمق تقریبی یک سانتیمتر برش داده و دو نیمه بریده شده را با چرخاندن آنها در جهت عکس یکدیگر از هم جدا کرد تا بدین ترتین صدمه ای به بذرها وارد نشود. در مرحله بعد هریک از دو نیمه میوه درون ظرفی فشرده می شود تا بذرها به همراه آب میوه از گوشت آن جدا شود. با توجه به اینکه تماس طولانی مدت بذر با عصاره میوه موجب کاهش شدید قدرت نمو تا حدود 50% می شود، لازم است بذرها پس از خروج از میوه تا مدت 24 ساعت درون آب سرد نگهداری شوند پس از این مدت باید آنها را درون صافی ریخته و با استفاده از جریان آب و مالش بذرها بین دو دست لعاب اطراف بذر را جدا کرد. رطوبت اضافی بذرها را با استفاده از آبکش گرفته و سپس جهت حذف عوامل قارچی در محلول 3 در هزار کاپتان به مدت حدود ده دقیقه غرقاب شوند. روش دیگر ضدعفونی بذر مرکبات این است که بذرهای تمیز شده را به مدت ده دقیقه در آبی با دمای 52 درجه سانتیگراد قرار دهیم. در این روش ضمن حذف کلیه عوامل قارچی قوه رشد و نمو بذرها نیز به خوبی حفظ خواهد شد. در مرحله بعد بذرها در شرایط دمای اتاق و تهویه مناسب و دور از تابش مستقیم آفتاب روی صفحه ها مشبک که با گونی کنفی یا پارچه نخی مفروش شده است، پهن می شوند تا به تدریج و در مدت 5 تا 7 روز خشک شده و آماده آنبارکردن شوند. در این مرحله میتوان آنها را تا رسیدن فصل کشت درون کیسه نایلونی در بسته و در طبقه پایین یخچال(دمای تقریبی 3 تا 4 درجه سانتیگراد) نگهداری کرد. لازم به ذکر است که بذر مرکبات فاقد دوره کمون بوده و کاهش بیش از حد رطوبت بذر موجب جدایی لپه ها از یکدیگر و از دست رفتن قدرت جوانه زنی می شود. بر این اساس توصیه می شود که رطوبت این بذرها در طول مدت انبار داری نباید به پایین تر از 75% کاهش یابد.
عملیات کاشت بذر مرکبات در شمال ایران اواسط اسفند و در استانهای جنوبی و نوار مرکز کشور در بهمن ماه به منظور تولید پایه در بسترهای ماسه ای و در عمق 3 تا 4 سانتیمتر با فاصله خطوط 20 تا 25 ساتیمتری انجام می شود. جوانه زنی بذرهای کشت شده بر حسب درجه حرارت محیط پس از 30 تا 45 روز از زمان کاشت بذر آغاز می شود.